從氣流流向分為：垂直流潔凈工作臺和水平流潔凈工作臺；潔凈工作臺從操作人員數上分：分為單人工作臺和雙人工作臺；潔凈工作臺從結構上分：分為常規型和新型推拉以及自循環型（僅限垂直流）。
潔凈工作臺根據氣流的方向分為垂直流潔凈工作臺(vertical flow clean bench)和水平流潔凈工作臺(horizontal flow clean bench)，垂直流工作臺由于風機在頂部所以噪音較大但是風垂直吹多用在醫藥工程這樣保證人的身體健康；水平流工作臺噪音比較小風向往外所以多用在電子行業，對身體健康影響不大。根據操作結構分為單邊操作及雙邊操作兩種形式，按其用途又可分為普通潔凈工作臺和生物(醫藥)潔凈工作臺。